24岁的因扎吉1996/97赛季在亚特兰大出场33次打进24粒意甲进球，捧起意甲金靴，当选意甲最佳新秀，老马尔蒂尼把他招进了意大利队。1997年6月8日，在同巴西队的比赛中，因扎吉上演了国家队处子秀，并且给皮耶罗送出了一次助攻，两队最终3-3握手言和。在1998年世界杯2-1击败奥地利的比赛中，因扎吉助攻巴乔打进意大利第二球。

　　1998年10月18日，在意大利队2-2战平西班牙队的友谊赛中，因扎吉梅开二度，这也是他在国家队首次进球。在2000年欧洲杯预选赛中，因扎吉打进3粒进球。决赛阶段，因扎吉先后洞穿了土耳其和罗马尼亚球门，表现尚可。然而，在同法国队的决赛中，主教练佐夫没有派上因扎吉，最终意大利队1-2输给了法国队，特雷泽盖打进了制胜球。

　　在2002年世界杯预选赛中，因扎吉打进5粒进球。阶段阶段，特拉帕托尼给了因扎吉两次出场机会，其中在同墨西哥的比赛中首发，然而意大利队被韩国队淘汰出局。2004欧洲杯预选赛中，因扎吉打进6粒进球。2003年9月6日，在欧洲杯预选赛意大利队同威尔士的比赛中，因扎吉上演帽子戏法率队4-0横扫对手，这也是因扎吉国家队生涯唯一帽子戏法。两届预选赛因扎吉都是意大利队内射手王，但他因伤错过2004年欧洲杯。


　　因为膝盖和脚踝伤病，因扎吉从2004年到2006年阔别国家队两年。完全康复之后，因扎吉2005/06赛季再次爆发，31场比赛打进了17个球。33岁的他被里皮带往德国参加2006年世界杯。因为意大利队拥有皮耶罗、托蒂和托尼等优秀的射手，因扎吉只获得了一次出场机会。2006年6月22日，在小组赛同捷克的比赛中，因扎吉替补吉拉迪诺出场，并且洞穿切赫十指关。7月9日，33岁的因扎吉跟随意大利队捧起了世界杯冠军。

　　在2008年欧洲杯预选赛中，因扎吉6场3球，他在俱乐部也有不错的发挥，但多纳多尼还是没有招因扎吉参加欧洲杯。2007年6月2日，意大利队客场2-1击败法罗群岛，因扎吉梅开二度，这是他在国家队最后的两粒进球。2007年9月8日，意大利队主场对阵法国队，这是因扎吉国家队最后一战。从1997年到2007年，10年国家队生涯，因扎吉57场25球，是意大利队史上第6射手，然而他在大赛中鲜有决定性发挥。