根据抽签规则，参加东芝2012中国足协杯的48支参赛队将被按照2011年中超、中甲、中乙、业余联赛、大学生联赛和亚洲展望城市联赛的排名成绩顺序确定总体排名，其中2011年中甲联赛升级两队排在2011年中超联赛降级两队前，2011年中乙联赛升级三队排在2011年中甲联赛降级两队前、乙级联赛球队排名在业余联赛球队前，然后是大学生联赛球队，最后为亚洲展望城市联赛球队。

　　5月26日，东芝2012中国足协杯赛将揭开大幕，首轮比赛由乙级联赛8支队伍、业余联赛4支队伍、大学生联赛2支队伍和亚洲展望城市联赛2支队伍共16支队伍参加。根据总体排名，抽签嘉宾将首先抽出中乙球队及其场次，而后将抽出另外8支球队及场次，与已落位的中乙球队相对应，产生首轮对阵。首轮比赛进行单场淘汰制，获胜球队晋级第二轮。

　　第二轮于6月2日进行，共12场比赛，16支中甲球队从这一轮开始参赛。通过首轮晋级的8支球队首先通过既定签位落位，抽签嘉宾将对总体排名靠前的12支中甲球队抽签确定主场位次，之后，将抽签确定另外4支中甲球队的场次，由此产生第二轮对阵，仍为单场淘汰赛制，获胜球队根据既定签位确定场次。

　　除2011赛季中超前三名和足协杯冠军外，其余中超12队将坐镇主场参加6月27日的第三轮比赛，因此，第三轮抽签主要确定中超12队落位，找到相应场次的第二轮晋级球队，第三轮比赛对阵便由此确定。

　　上赛季的中超前三名广州恒大、北京国安和辽宁宏运以及2011年足协杯冠军天津泰达将从第四轮开始参加东芝2012中国足协杯赛事，他们的签位分别为1、13、5和9，第三轮获胜的12支球队根据既定的签位确定比赛对手，单场淘汰，共8场比赛，获胜球队进入八强。八强球队仍然根据既定签位确定对阵，进行第五轮的比赛。第四轮和第五轮赛事将分别于7月18日和8月1日进行。

　　第六轮半决赛将采取主客场制，比赛日期为8月22日和9月26日，晋级四强的球队同样通过既定签位确定场次和对阵，总体排名靠前的球队拥有优先选择主客场顺序的权利。

　　最后的决赛仍采用主客场制，两队将通过抽签确定主客场顺序，抽签将在半决赛后进行，两场比赛间隔一周，分别于11月10日和18日进行。最终的冠军将获得下赛季亚冠联赛参赛资格。