中超公司现在尚未正式成立，但是2006年中超所有商务开发的费用都被列为中超公司的收入，并按照中超公司章程支出和分配。经过多次会议的商议，中超的注册资金被确定在200万元，足协占36%，72万元，其余16家俱乐部各占4%，每家出资8万元。因四川冠城俱乐部解散，该部分资金将被足协托管，2006年足协实际出资40%，即80万元注册资金，2006年中超公司的利润分配也将按照此比例分配。

　　根据中超公司章程利润计算需要扣除多项费用和成本，首先中超公司要向中超委员会支付商务收入款项，收取一定的代理费。扣除代理费的税后部分将划分为足协分成、联赛开支、中超委员会费用、赛区分成四个部分。值得一提的是其中足协分成原来制定的比例是占25%，而且有2000万元的保底，但是在第二次中超筹备会议前，足协专门对足协分成比例做了修改。谢亚龙在足协内部会议上也认为分配方案应该降低，原先的方案中足协将从中超公司会拿到收入的25%，谢亚龙认为“足协不能因为这几百万利润影响到未来的发展和与俱乐部的关系”，他最后力主将“足协分成”压至10%。

　　在扣除以上部分后，2006年中超公司最后的利润将按照足协40%，其余15家俱乐部每家4%分配，足协与俱乐部将“四六开”分成，对这个分配比例俱乐部无人提出质疑。