由于时间紧凑且国际赛事繁多，2013非洲杯预选赛赛制上稍作调整，分为两个阶段进行，具体规则如下：

　　1.非洲足联的54个会员除留尼旺外，全部报名。

　　2.东道主南非直接入围决赛阶段。

　　3.14支入围2012年非洲杯决赛阶段的球队（安哥拉、博茨瓦纳、布基纳法索、科特迪瓦、加纳、几内亚、利比亚、马里、摩洛哥、尼日尔、塞内加尔、苏丹、突尼斯、赞比亚）自动晋级第二阶段比赛、两个东道主（赤道几内亚和加蓬），将在第一阶段相遇进行淘汰赛，胜者晋级第二阶段、负者参加第一阶段。

　　4.剩下的38支球队（含赤几和加蓬）将根据届时的FIFA排名分成若干档次进行抽签比赛（具体规则尚未制定），这就是第一阶段预选赛。

　　5.第一阶段胜出的15支球队将会与第一阶段的15支球队捉对进行主客场两回合的第二阶段比赛，胜者晋级2013非洲杯决赛阶段比赛。

　　6.参加2013非洲杯决赛阶段比赛共有16支球队（含东道主南非）。