2008年9月27日阿联刚刚抵达新泽西后不久，篮网官方便在一次新闻发布会上宣布，在26日的队内合练中，阿联争抢篮板时踩到了队友的脚，结果扭伤了自己的左脚踝。尽管伤势不严重，但由于新赛季在即，阿联依然被建议休息7-10天，并因此错过了篮网的首场季前赛。

　　11月19日阿联在一次训练中扭伤了脖子，因此提前终止训练，接受X光检测，不过结果显示伤势并不严重。在接下来篮网和猛龙的比赛中，阿联依然出战，打了16分钟，拿下7分4篮板2助攻。

　　12月13日同样是在对阵多伦多猛龙比赛中，阿联在一次争抢篮板时拉伤了肩部肌肉，尽管当时他表示伤势并不严重，但在第二天背靠背对阵芝加哥公牛的比赛中，阿联的状态受到了一定影响，出战32分钟，8投仅1中，只得到2分9篮板，不过事后阿联仍倔强地表示肩伤不是问题。

　　2009年1月6日篮网主场对阵萨克拉门托国王，阿联在第二节的一次防守中与对方球员相撞，导致右膝受伤，暂时回到更衣室接受治疗。不过随后他很快返回赛场，同时状态极佳，最终全场拿下22分13篮板3助攻2盖帽的成绩，表现抢眼。

　　1月10日交易后第一次重返密尔沃基，阿联在和雄鹿比赛的第三节，试图抢断里德手里的球，但不小心把手指掰了一下，造成骨裂。不过据队医初步诊断，伤病暂时没有手术必要，不过需要静养4至6周。

　　记者汪雅云报道 阿联受伤后，中美各大媒体都对这个意外事故表示了极大的关注，据驻休斯敦媒体报道，在得知易建联受伤后，另一位中国球星姚明也已经在第一时间致电自己的国家队队友，送去安慰。“我想，还是让他好好休息，安安静静地休息。”姚明表示。

　　小巨人在阿联受伤后不久便得知这一不幸消息，“我已经给他打过电话了，安慰了一下。”姚明说，“我昨天听说是骨裂，第一反应是脚，后来知道是手，还好。”去年，姚明自己就曾因脚部骨裂严重告别赛季，他不希望阿联会重蹈自己的覆辙，所以得知阿联是小拇指骨裂并不严重后，姚明稍微松了口气。“开玩笑地说，我们不是靠手走路，恢复起来会快一些。”小巨人说，“希望他能安心养伤，别去多想，养伤期间，也可以做点功课，看看录像带，还有就是，可以好好休息一下。他跟我一样，从北京奥运集训，到奥运会比赛，到训练营，到现在，将近大半年没休息过，因祸得福，只能往好的方面想一想。”

　　加盟NBA联盟两个赛季以来，阿联已经经历过不少伤病的困扰，上赛季年初，阿联就曾因手腕受伤缺席过近8周的比赛，随后他又在赛季末膝部受伤，不得不以这种方式提前告别自己的新秀赛季。