2008年11月5日 受困卫冕冠军

　　季初打造起“三巨头”组合让人们对火箭队的赛季充满期待，可与卫冕冠军的首次对局就给人们泼了一盆冷水。面对肯德里克-帕金斯，姚明在首节的防守非常吃力，他在首节还有6分35秒时就因为两犯被提前换下，第二节还有7分56秒时姚明又拿到第三次犯规，犯规麻烦让他在之后的比赛中毫无感觉，第四节更是一分未得。整场比赛姚明14投4中，他只得到8分和7个篮板。

　　2008年11月10日 洛城惨败

　　第二节一度领先16分，可最后却得到一场29分的惨败，火箭队在洛杉矶遭到湖人队的羞辱，姚明在内线与安德鲁-拜纳姆和保罗-加索尔的较量中也处于下风。虽然保持超过五成的投篮命中率，但姚明四次罚球竟然全部偏出，而在常规赛里他的罚球命中率高达86.6%。

　　2009年1月24日 伤病折磨

　　右膝疼痛让姚明在这场比赛中仅打了17分钟就提前退场，他的状态也受到伤病影响，7投2中只得到8分，而火箭队也遭遇败仗。接下来与活塞队和尼克斯队的比赛中，姚明都因伤缺阵，这是他本赛季常规赛中鲜有的几次缺席比赛。

　　2009年2月10日 犯规麻烦

　　对火箭队来说，这是他们本赛季常规赛中另一次耻辱性的失利。姚明在上半场中又早早受困犯规麻烦，这也影响了他之后比赛中的状态，结果在19分钟的出场时间里他8投仅有2中，全场只得到可怜的7分，火箭队也在客场不敌雄鹿队，这是他们自从2004年12月28日以来首次输给雄鹿队。

　　2009年4月25日 绕前防守

　　姚明在与波特兰开拓者队系列赛首战的出色表现让对手改变了防守战术，他们在接下来的系列赛中更多地对姚明采取绕前和包夹，结果这让姚明接球更困难，他在进攻中遇到更多的麻烦，他的表现也受到影响。与开拓者队的第三场比赛中，姚明7投仅有2中，他只得到7分，他在进攻端未能给球队做出应有的贡献，不过火箭队最终的结果不错，他们以3分险胜对手。

　　2009年5月10日 告别赛季

　　对于所有关心姚明和火箭队的人来说，5月10日又是一个悲情时刻。西部半决赛第三场中的受伤果然成为噩梦的开始，姚明在第二天的检查中被发现左脚出现一个如发丝般粗细的骨裂，他要恢复8到12周的时间，这让他不得不提前告别季后赛的比赛。这是姚明又一次在赛季进行到重要时刻因为伤病告别，而且是在火箭队形势不错的情况下，这不禁让人更扼腕叹息和遗憾。