2001赛季结束后，面临已经升上甲A联赛的同城对手上海中远的竞争，申花俱乐部创始人、原董事长郁知非退出申花管理层，并由上海广电集团SVA和上海文广集团接手。新申花总经理楼世芳邀老帅徐根宝出山。同时，申花合并了由徐根宝创立的完全由年轻队员组成的上海有线02队，补充了包括杜威、孙吉、孙祥、于涛等多名极具潜力的年轻球员，而原先在队的虞伟亮、刘谢栋、吴承瑛、卞军、毛毅军等人以及98年赴巴西留学的一批球员均得到留任。离开的则有申思、祁宏、霍智宇以及庞利和王硕几名球员。

　　2007赛季初，在经历了那次著名的“申、联合并后”，球队人数一度达到48人，这也不得不令俱乐部高层考虑“瘦身”，包括刘寅涛、董阳、顾操、李昊桢、丁铭、薛飞在内的一些年轻球员无奈被淘汰，而王珂、忻志良、徐文等另一批申花小将也在略露头角之后逐渐退出舞台；2009年，杜威、孙吉、吴伟超追随前申花主帅吴金贵加盟绿城，郑科伟加盟南昌、毛剑卿、陈雷则租借去了深圳。孙祥在辗转维也纳之后去往恒大，郜林同样在去年被卖到了广州；2010年，毛剑卿以永久转会性质奔赴西安，沈龙元则在年底合同到期后加盟杭州绿城。

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